Incapacidad médica en Colombia: quién la paga, cuánto te dan y cómo se tramita
Incapacidad médica en 2026: el empleador paga los días 1 y 2, la EPS del 3 al 180 y luego el fondo de pensiones. Cuánto te pagan y cómo tramitarla.
En este artículo (6 partes)
Si te incapacitan por una enfermedad común, tu empleador paga los días 1 y 2, la EPS del día 3 al 180 y el fondo de pensiones del 181 al 540, que te pagan dos terceras partes de tu salario (66,67 %) en los primeros 90 días y nunca menos del salario mínimo, que en 2026 es $1.750.905. Así lo resume el Ministerio de Salud con base en el Decreto 780 de 2016, la Ley 100 de 1993 y la Sentencia C-543 de 2007 de la Corte Constitucional.
- Los primeros, a cargo de tu empleador
- 2 días
- Del salario en los primeros 90 días
- 66,67 %
- Piso mensual: nunca menos del mínimo de 2026
- $1.750.905
¿Quién paga la incapacidad médica?
Depende del día de incapacidad en el que vayas. Esta es la repartición para la incapacidad de origen común, según el concepto del Ministerio de Salud:
| Días de incapacidad | Quién paga | Norma |
|---|---|---|
| Días 1 y 2 | Tu empleador | Artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016 (Decreto 2943 de 2013) |
| Del día 3 al 180 | La EPS | Artículo 41 de la Ley 100 de 1993, modificado por el Decreto 019 de 2012 |
| Del día 181 al 540 | El fondo de pensiones (AFP o Colpensiones) | Artículo 41 de la Ley 100 de 1993, modificado por el Decreto 019 de 2012 |
| Del día 541 en adelante | La EPS | Artículo 67 de la Ley 1753 de 2015 y Decreto 1333 de 2018 |
Si tienes contrato laboral, el cobro a la EPS o al fondo no es tu problema: lo hace tu empleador, como explicamos más abajo.
Para tener derecho al pago de la EPS debes haber cotizado al menos 4 semanas inmediatamente antes de que empiece la incapacidad (artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016, según el Decreto 2126 de 2023).
¿Cuánto me pagan si estoy incapacitado?
Te pagan dos terceras partes de tu salario los primeros 90 días y la mitad desde el día 91 hasta el 180. Lo dice el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo. La EPS liquida sobre el ingreso base de cotización (IBC) del mes anterior al inicio de la incapacidad, y en las prórrogas mantiene ese mismo IBC.
Hay un piso: según la Sentencia C-543 de 2007, que cita el Ministerio de Salud en sus conceptos, el pago no puede ser inferior al salario mínimo. Si dos tercios de tu salario dan menos que el mínimo, te deben pagar el mínimo.
Ejemplo con cifras de 2026
Te dan 10 días de incapacidad por enfermedad común.
| Salario | Días 1 y 2 (empleador) | Días 3 a 10 (EPS) | Total por 10 días |
|---|---|---|---|
| $3.000.000 | 2 × $66.667 = $133.333 | 8 × $66.667 = $533.333 | $666.667 |
| $1.750.905 (mínimo) | 2 × $58.364 = $116.727 | 8 × $58.364 = $466.908 | $583.635 |
Con un salario de $3.000.000, el día vale $100.000 y dos tercios son $66.667. Con el salario mínimo, dos tercios darían $38.909 al día, menos que el mínimo diario ($58.364), así que te pagan el mínimo diario completo. El valor del salario mínimo de 2026 es $1.750.905 (Decreto 1469 de 2025).
Si estás embarazada, el pago no va por incapacidad sino por licencia de maternidad, que tiene reglas y valores distintos; y el nacimiento de un hijo le da al papá la licencia de paternidad, que tampoco es una incapacidad.
¿En qué se diferencia de la incapacidad laboral (ARL)?
La diferencia es el origen: si la incapacidad viene de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, no la paga la EPS sino la ARL, y te paga el 100 % de tu salario base de cotización desde el día siguiente al accidente (artículo 3 de la Ley 776 de 2002).
| Incapacidad de origen común | Incapacidad de origen laboral | |
|---|---|---|
| Causa | Enfermedad o accidente fuera del trabajo | Accidente de trabajo o enfermedad laboral |
| Quién paga | Empleador (días 1 y 2), EPS, fondo de pensiones | La ARL |
| Cuánto | 2/3 del salario los primeros 90 días, la mitad después; nunca menos del mínimo | 100 % del salario base de cotización |
| Desde cuándo | Desde el día 1 (los dos primeros los paga el empleador) | Desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad |
| Hasta cuándo | 180 días por la EPS, luego el fondo hasta el día 540 | 180 días, prorrogables por periodos de hasta 180 días más |
Por eso, si te lesionas trabajando, reporta el accidente a tu empleador de inmediato: así queda registrado como laboral y lo cubre la ARL.
¿Cómo se tramita una incapacidad?
El trámite ante la EPS lo hace tu empleador, no tú. El artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 dice que debe adelantarlo "de manera directa" y que en ningún caso puede trasladarlo al trabajador. Tu obligación es informarle que te incapacitaron.
El paso a paso es este:
Cómo se tramita una incapacidad
El médico expide el certificado
Hasta 30 días por certificado, prorrogables por periodos de hasta 30 días (artículo 2.2.3.3.2, Decreto 2126 de 2023).
Se lo entregas a tu empleador
Lo antes posible, por escrito y con copia de recibido.
El empleador radica ante la EPS
Con una certificación bancaria de menos de 30 días. No puede pasarte ese trámite.
La EPS liquida y paga
Revisa y liquida en 15 días hábiles y paga en los 5 siguientes; si se demora, debe intereses de mora.
Si eres independiente, tú haces la solicitud directamente ante tu EPS. Para tener derecho, debes estar cotizando a salud: te explicamos cómo en seguridad social para independientes.
¿Qué es la transcripción de una incapacidad?
Es la validación que hace tu EPS cuando la incapacidad te la dio un médico que no hace parte de su red, por ejemplo uno particular o de medicina prepagada. Sin esa validación, la EPS no la paga.
Según el artículo 2.2.3.3.3 del Decreto 780 de 2016, en la versión del Decreto 2126 de 2023:
- Debes presentarla a tu EPS dentro de los 15 días siguientes a su expedición.
- La EPS tiene 8 días hábiles para validarla o mandarte a evaluación médica.
- Si pasan esos 8 días sin respuesta, la EPS debe reconocerla y liquidarla en 15 días hábiles y pagarla en los 5 siguientes.
Si tienes varios empleadores, el mismo certificado sirve para todos.
Qué hacer ahora
- Pide siempre el certificado de incapacidad al médico, con el diagnóstico y las fechas.
- Si te atendió un médico particular, llévalo a tu EPS para la validación antes de 15 días.
- Entrégalo a tu empleador por escrito y guarda copia con la fecha de recibido.
- Revisa tu desprendible de nómina y compara lo que te pagaron con la tabla de arriba.
- Si fue un accidente de trabajo, asegúrate de que tu empleador lo reportó a la ARL.
- Si la EPS no paga a tiempo, el aportante puede informar a la Superintendencia Nacional de Salud. Si te terminan el contrato durante una incapacidad, revisa tu liquidación.
Esto es información general, no asesoría para tu caso particular.
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Preguntas frecuentes
¿Quién paga los dos primeros días de incapacidad?
El empleador. Desde el día 3 paga la EPS, según el artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016, que viene del Decreto 2943 de 2013.
¿Cuánto pagan por una incapacidad médica?
Por enfermedad común, dos terceras partes del salario (66,67 %) los primeros 90 días y la mitad después (artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo). Nunca puede ser menos del salario mínimo, que en 2026 es $1.750.905 (Sentencia C-543 de 2007).
¿Qué es la transcripción de una incapacidad?
Es la validación que hace tu EPS de una incapacidad que te dio un médico particular, fuera de su red. Debes presentarla dentro de los 15 días siguientes a su expedición y la EPS tiene 8 días hábiles para validarla (Decreto 2126 de 2023).
¿Quién tramita el pago de la incapacidad ante la EPS?
Tu empleador, de forma directa. La ley prohíbe trasladarle ese trámite al trabajador; tu deber es avisarle y entregarle el certificado (artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012).
¿Cuánto pagan si la incapacidad es por un accidente de trabajo?
La ARL paga el 100 % de tu salario base de cotización desde el día siguiente al accidente, hasta por 180 días prorrogables (artículo 3 de la Ley 776 de 2002).
¿Si soy independiente me pagan la incapacidad?
Sí, si cotizas a salud y llevas al menos 4 semanas cotizadas antes de la incapacidad. Tú mismo haces la solicitud ante tu EPS (Decreto 2126 de 2023).
Fuentes
- Concepto jurídico 202311601690071 de 2023 sobre pago de incapacidades — Ministerio de Salud
- Código Sustantivo del Trabajo, artículos 206 a 237 — Secretaría del Senado
- Decreto 2126 de 2023 — Función Pública
- Decreto Ley 019 de 2012 — Función Pública
- Ley 776 de 2002 — Función Pública
- Decreto 1469 de 2025, salario mínimo de 2026 (vigente desde que el Consejo de Estado levantó la suspensión en julio de 2026) — Colpensiones (normograma)
Información general y educativa, no asesoría personalizada (Decreto 661 de 2018). ¿Viste un error? Cuéntanos y lo corregimos con una nota. Así corregimos.